1С и оплаты
Подключить 1С:Фреш каждого плательщика
Подключение создаётся отдельно для каждой компании с её базой и служебным пользователем.
Интервалы загрузки оплат и обновления структуры
Оплаты и структура данных имеют независимое расписание.
Как оплаты автоматически отмечаются в CRM
В CRM засчитываются только подтверждённые банковской выпиской списания с точным сопоставлением.
Ручная сверка оплат из 1С
Разберите неоднозначность до зачёта: это защищает от повторной отметки ручной оплаты.